Trường đại học Y Dược Hải Phòng hiện có hơn 800 cán bộ, giảng viên trong đó 600 cán bộ cơ hữu thuộc trường và 200 thuộc Bệnh viện, gồm 07 Giáo sư; 28 Phó giáo sư; 77 Tiến sĩ; 180 Thạc sĩ; 65 bác sỹ chuyên khoa 2 và tương đương, và 285 giảng viên kiêm chức tại các cơ sở thực hành chính. Với gần 40 năm xây dựng và trưởng thành, Trường Đại học Y Dược Hải Phòng đã đào tạo được hơn 10000 bác sỹ, điều dưỡng, cử nhân đại học và sau đại học, dược sỹ, được đánh giá cao tại các cơ sở y tế trên địa bàn cả nước. Hiện nay trường có hệ thống Phòng, Ban chức năng, các Trung tâm, Bệnh viện thực hành khá hoàn chỉnh: Có 11 Phòng, Ban chức năng; và 20 Bộ môn trực thuộc khoa; 33 bộ môn trực thuộc trường; 08 đơn vị phục vụ đào tạo và nghiên cứu; 01 Bệnh viện Đại học Y Hải Phòng với 28 khoa, phòng chức năng đáp ứng giảng dạy, nghiên cứu và phục vụ người bệnh. Theo cơ cấu tổ chức mới được phê chuẩn, Trường hiện có 9 khoa, bao gồm:

- Khoa khoa học cơ bản, tập hợp các môn học đại cương (toán, lý, hóa, sinh học, ngoại ngữ, lý luận chính trị...)

- Khoa Y, một ngành đào tạo chủ chốt của Trường, có chức năng đào tạo đại học ngành y đa khoa, nghiên cứu khoa học, phục vụ và và đào tạo các chuyên ngành sau đại học, nghiên cứu, đào tạo và phát triển chuyên ngành Y học biển của Việt Nam.

- Khoa Y tế công cộng, đào tạo hệ bác sỹ y học dự phòng và các chuyên ngành sau đại học, nghiên cứu về các lĩnh vực chính sách y tế, quản lý y tế và sức khỏe cộng đồng.

- Khoa Răng Hàm Mặt, đào tạo bác sỹ Răng Hàm Mặt đại học và sau đại học

- Khoa Điều dưỡng, đào tạo cử nhân điều dưỡng hệ chính qui và hệ vừa làm vừa học

- Khoa kỹ thuật y học, đào tạo cử nhân xét nghiệm chính qui và hệ vừa làm vừa học

- Khoa Y học cổ truyền, đào tạo bác sỹ y học cổ truyền

- Khoa Dược học, đào tạo dược sỹ đại học hệ chính qui, liên thông và sau đại học, nghiên cứu khoa học y dược, dược liệu biển, xây dựng năng lực chuyên ngành dược lâm sàng và phát triển dịch vụ dược lâm sàng tại các cơ sở thực hành của Trường.

- Khoa Y học biển, nghiên cứu và đào tạo chuyên ngành y học biển cho sinh viên y đa khoa, phát triển chuyên ngành đào tạo sau đại học về y học biển